順利潛入司帝國的阿鉻等人，秘密地在地國境內開通行動電話！第一通電話究竟打給誰？另一方面，千空與科學王國正在挑戰開發汽車，過程中製造出蒸汽機，順利在石器時代掀起工業革命！

為了製作磺胺劑，千空等人努力在科學路線圖上前進！為了取得當中最難取得的物質‧硫酸，抱著必死的決心深入超危險地帶！另一方面，決定村長寶座的武術大會「御前比武」也即將舉行……？

千空來到琥珀的村莊後，計畫著將村人拉入他的旗下。首先靠著科學對決，得到一名少年助手後，為了治療琥珀姊姊的病，他便開始著手研發萬能藥。科學王國奠基的挑戰即將開始！

就在高中生大樹決定跟暗戀多年的同學杠告白的那天，一道奇怪的光線照過，瞬間全世界的人類都變成了石頭！一心只想著未完成的心願，讓大樹的心保持著清醒，就這麼度過了數千年。終於石化解除！令他驚訝的是眼前竟然是一排文字，叫他循線過來……大樹找到目的地，看到的竟是早他半年醒來的同學千空！於是大樹決定跟千空聯手，從無到有再度打造出人類的文明！

靠著熱氣球探索，千空等人得到珍貴素材的地圖，村民增加卻也讓他們面臨糧食問題。於是他們打算靠著「製作好吃又能長期保存的麵包」達成糧食革命！另一方面，搭乘實驗性小型船出海的千空，也將有驚人的遭遇？

千空＆Dr.賽諾，兩位「石器時代」最強的科學家，為了鎖定人類石化的發源地，展開奇蹟的合作！躲過跨越南美洲的陸海雙方猛烈追擊而來的史丹利的魔掌，眾人逐漸逼近「起源」的秘密！

千空等人想派琥珀潛入島上後宮，伺機奪取首領手中的石化武器。為此千空打算用科學把琥珀改造成迷人的女孩，所以準備奪回船上的研究所（實驗室）。島上的強者監視著這艘船，奪還成功的王牌卻在船內？

石化王國vs科學王國之戰，到了千空vs荊棘的單挑！千空能否延續伙伴們的用心，成功奪得石化裝置呢？而遠方傳來的「WHY人」之聲帶來的衝擊事實，也將引導科學王國走上新的冒險！

為了得到珍稀的礦石素材，千空、阿鉻與岩漿出發前往洞窟探險。他們能夠克服等著他們的自然地下城，成功找到寶物嗎？製作現代戰爭最強武器‧行動電話的進度也漸入佳境！

科學王國VS科學王國！千空與Dr.賽諾兩名科學家的對決，發展成鎖定敵軍科學領袖的快攻戰！在Dr.賽諾意外的真面目，及他過去與千空的奇緣揭曉的同時，狙擊手史丹利的兇彈正悄悄逼近珀爾修斯號！

千空、大樹與杠如火如荼地加緊製造火藥。此時遠方突然飄起一道煙。千空確信有其他人類存在，於是甘冒風險，點起狼煙！另一方面，想要阻止千空製造火藥的司步步進逼，三人陷入九死一生的危機……！

「御前比武」開幕！千空率領的科學王國隊，第一戰就是金狼對岩漿！近視眼金狼因為掌握不到距離陷入苦戰，但在得到「科學之眼」的瞬間就凌駕在岩漿之上…？千空等人準備以科學之力力求奪冠！