Un jour, en plein Tokyo, un étrange brouillard s'épaissit fortement et sans raison apparente. Soudain, une énorme bête à cinq têtes jaillit du brouillard et détruit tout sur son passage. En fait, de nombreux monstres ont commencé à apparaître un peu partout dans le Japon, sortes d'animaux géants mais semblant génétiquement modifiés. Pour ne pas se laisser dominer par ces créatures, une organisation militaire fait rapport de leurs apparitions, et les combat pour protéger l'espèce humaine......

Alors que les monstres se multiplient aux quatre coins du Japon, le bureau gouvernemental pour la lutte contre les kaijus dresse un bilan de ces apparitions. Sur mer, sur terre ou dans les airs, ils doivent être partout pour contrer les créatures. Heureusement, le Bureau a créé des humains hybrides, dotés de pouvoirs physiques stupéfiants, pour aller combattre les monstres. Il reste qu'un de ces monstres semble invincible, tout en étant visiblement le mâle alpha parmi ces apparitions. Le B...

Panique dans les rangs des forces de défense du bureau gouvernemental, la dernière Chymer qui est soudainement apparue sous la forme d'une humaine. Sa puissance semble démultipliée et deux humains mutants échouent à en venir à bout. Dans le même temps, deux squelettes géants de chevaux s'avancent dans la mer, menaçant les navires de l'armée postés près des côtes. Après les apparitions aléatoires, il s'agit cette fois d'une attaque des forces de défense en bonne et due forme. Mais qui dirig...

La bataille finale des humains contre les Chymer est arrivée.Une opération de reconquête à grande échelle des zones envahies par les monstres a finalement été lancée, menée par le bureau gouvernemental et ses « sorcières » hybrides. Kisaragi et les autres visent à atteindre leur emplacement cible via une voie navigable souterraine, mais ils tombent sur Owai, un kaijû particulièrement redoutable qui dévore les monstres qui nichent sous terre, s’appropriant ainsi leurs pouvoirs...