« Tu peux t’enfuir, mais ça sera d’autant plus pénible pour toi. Puisque qu’il est évident que je serai le seul vainqueur »Le combat contre Ilyasviel von Einzbern est terminé. Shirô Emiya reste déterminé à ne pas engager de combat inutile et à protéger les innocents. Mais Rin l’a prévenu, elle n’est pas une alliée…

Reprenant conscience après son combat contre Gilgamesh, Shirô essaie d'obtenir une réponse de Saber à sa déclaration d'amour. En vain, elle ne pense qu’à la guerre du Saint-Graal. Néanmoins, ils passent la nuit ensemble… Le lendemain matin, Shirô se rend à l’Église pour voir Kotomine. Ne le trouvant pas, il descend au sous-sol et découvre une scène sinistre, inimaginable. Elle fait resurgir les souvenirs douloureux des terribles événements d'il y a dix ans…

Avec l’apparition d’un nouveau servant, l’énigme du Saint Graal s’approfondit… Le but de Saber reste clair. : une fois le Saint Graal obtenu, elle l’utilisera pour élire un nouveau roi, en sacrifiant sa vie ! Mais Shirô, qui est amoureux de Saber, fera tout pout la garder près de lui !

L'heure du dénouement a enfin sonné.« Angra Mainyu - Tout le mal de ce bas monde » et « Enuma Elish - le ciel et la terre se séparent » attaquent Shirô et Saber. La guerre du Saint-Graal s'achève, et vient le moment pour nos deux héros de se séparer...

Shirô, quoique magicien débutant, arrive à repérer le point de base de la zone que Rider a enchantée. Face au danger que représente cette zone, et surtout, devinant les capacités de Shirô, Rin Tôsaka décide de coopérer avec ce dernier. C’est sous ce prétexte qu'elle s’installe chez lui. Cette coopération ne va pourtant pas sans heurt car Archer, le servant de Rin, reste méfiant à l’égard de Shirô.

Shirô et ses compagnons ont réussi à sortir vainqueurs grâce à la ruse d’Archer. Il reste désormais quatre couples de maîtres-servants qui cherchent à s’emparer du Graal, la coupe sacrée censée exaucer tous les vœux de son possesseur ! Alors que Saber, considérablement épuisée, risque de disparaître, un ennemi redoutable s’en prend à son tour à Shirô… !

Le véritable maître de Rider n’était autre que Sakura, et non Shinji… ! On comprend enfin pourquoi ce dernier détestait tant Sakura et Shirô.Quant à Saber, elle apprend à Shirô que son épée est bien la mythique Excalibur et qu’elle est elle-même le Roi Arthur ! Enfin, l’énigmatique professeur Kuzuki se révèle être le maître de Caster. Tous deux réussissent à neutraliser et kidnapper Saber, s’imposant ainsi comme de redoutables adversaires dans la course au Saint-Graal…

Au cours d’un combat contre Berserker, apparaît enfin une magie propre à Shirô. Ce qu’il portait dans ses mains, c’était bien le sabre de Saber qu’on croyait perdu pour toujours. Dans une forêt hivernale, un combat mortel se joue entre le géant et Shirô, avec un dénouement inattendu…

Bien que ne possédant aucun pouvoir, Shinji a réussi à devenir un "maître", impatient d'avoir le Saint-Graal. Mais son esprit est de plus en plus dérangé et envahi de haine au point qu'il éprouve de la rancune envers tout le monde. Il n'a de pitié pour personne, même pas pour Rider, son servant, qu'il maltraite. Il lui ordonne d'agresser Mitsuzuri et tente même de tuer Shirô, l'unique personne à croire encore en lui. Qui mettra fin aux agissements de Shinji ?

Shirô et Rin décident de coopérer pour récupérer leurs servants respectifs : Saber et Archer. Lancer, surgi de nulle part, leur propose sa collaboration pour vaincre Caster qui, ayant fait de Saber et Archer ses servants, cherche désespérément la coupe sacrée. Elle attaque l’église de Kotominé, s’imaginant pouvoir l’y trouver. Mais en vain... Sur ces entrefaites, Shirô, Rin et Lancer mettent tout en œuvre pour renverser la situation…

Shirô réalise enfin qu’il a toujours aimé Saber. Il a réussi à la convaincre de sortir avec lui et il essaie désespérément de la divertir. Il voudrait lui faire oublier les combats, alors qu’ils sont sa seule raison d’être en ce monde. Entre eux, le courant ne passe pas… Soudain, Archer surgit devant eux, prétendant que Saber lui appartient. La jeune femme est consciente de son infériorité par rapport à celui qui l’a vaincue lors de la dernière guerre… Mais Shirô, est plus déterminé que ja...

Shirô, Saber et Rin ont réussi à se tirer du mauvais pas où ils se trouvaient grâce au sacrifice d’Archer, le servant de Rin. Ils trouvent alors refuge dans une cabane, quelque part au fin fond de la forêt d’Einzbern. Saber est leur seul espoir à tous les trois d’en réchapper sains et saufs. Malheureusement, ayant perdu presque tout son pouvoir magique, elle risque de disparaître. Pour affronter Berserker dont ils sentent la présence menaçante toute proche, il n’y a qu’une solution...