Dans la ville de Mikado, un portail ouvert sur une dimension parallèle laisse s'introduire de dangereuses créatures surnommées les Neighbors . Engagés pour protéger les habitants, les membres de l'organisation de défense Border les repoussent à l'aide de mystérieuses armes surpuissantes appelées "Triggers . Osamu Mikumo, un collégien membre de cette organisation, rencontre Yûma Kuga, un étrange nouvel élève qu'il va bientôt prendre sous son aile. Ce qu'il ignore, c'est que son protégé est ...

Un Neighbor de type inconnu a fait son apparition en dehors de la zone de sécurité. Kitora, agent de classe A de l'organisation de défense "Border", tente de le contenir mais elle a bien du mal à venir à bout de cet adversaire dont elle ne sait rien.À la demande d'Osamu, convoqué au Quartier Général des forces de défense où une rencontre inattendue l'attend, Yûma va tenter de lui venir en aide...

Le commandant en chef du Border a donné l'ordre à Jin de capturer Yûma, le Black Trigger . Jouant avec la hiérarchie, celui-ci décide d'exécuter cette mission à sa manière et, se rapprochant de sa cible, découvre le passé du jeune Neighbor et les raisons qui l'ont poussé à venir dans notre monde...

La Tamakoma 2 joue sa participation au corps expéditionnaire dans le dernier round des match de rang B... Mais Hu s, le nouveau membre prodige, s'est retrouvé encerclé par ses adversaires et a subi de graves dégâts. Chika vient également de voir l'un de ses meteora retourné contre elle. Les camarades d'Osamu parviendront-t-ils à tromper le talent de leurs adversaires et l'implacable stratégie de l'unité Ninomiya ?

Les simulations de combat se terminent et la sélection des agents pour intégrer le corps expéditionnaire dépend des performances de chacun… Ses adversaires ayant pris conscience que Chika est le maillon faible de son équipe, l’unité Ninomiya, jusqu’alors en bonne voie, se retrouve projetée en bas du classement. Chika est paniquée mais son leader semble déterminé à la laisser gérer… Le soir-même, excédé, Ema prend Ninomiya entre quatre yeux pour vider son sac !

Alors que chaque équipe provisoire s’attelle à fabriquer des soldats-trions pour les utiliser en simulation de combat, le test en environnement clos continue. Avec ce nouvel exercice où la créativité est de mise, chaque groupe affine et met en pratique ses connaissances. Notamment l’unité Wakamura, dernière du classement, qui se lance au combat en suivant la stratégie de Hüs…

Yûma et Hüs ont détruit l'audacieux stratagème de la Suzunari, qui consistait à aveugler leurs adversaires. Tandis que la tension monte dans le centre commercial, c'est le moment ou jamais pour l'arme secrète de la Tamakoma 2 de montrer l'étendue de ses talents ! Mais curieusement, Hüs choisit de ne pas utiliser son atout le plus évident : le viper... Qu'a-t-il derrière la tête ?!

Enedra, Neighbor humanoïde porteur d'un Black Trigger, parvient à infiltrer le coeur même du quartier général du Border, acculant les plus hauts dirigeants de l'organisation. De leur côté, Osamu et son groupe tentent tant bien que mal d'échapper aux envahisseurs qui cherchent à capturer Chika... Une seule mission unit désormais les agents : tout faire pour éviter le futur qu'a entrevu Jin !

L'assaut mené par l'armée de Galopoula contre la Centrale du Border semble sur le point d'être repoussé. Hüs, qui a réussi à s'échapper dans des circonstances étranges, demande à Regi de l'aider à rejoindre Aftokrator, mais le jeune guerrier a reçu des consignes bien différentes. Quand Yôtarô entre à son tour en scène, le jeu de dupe prend un tour dramatique.

Osamu, prêt à tout pour protéger Chika cubifiée, n'est plus qu'à quelques pas du quartier général. Incapable de l'atteindre, il décide d'appliquer une stratégie inattendue qui va changer la donne et précipiter la fin des hostilités ! L'ennemi éloigné, le Border va devoir panser ses blessures, mais aussi rendre des comptes aux citoyens de Mikado... Pour calmer leur colère, Osamu s'engage à partir à la rescousse de ceux qui ont été enlevés. Mais pour ça, il lui faut d'abord monter en grade p...

Après la défaite de son équipe face aux meilleurs agents de la classe B, Osamu a proposé à Jin d'intégrer la Tamakoma 2 ! Chika, toujours incapable de tirer directement sur ses adversaires en plein combat, cherche de son côté une solution pour contourner ce problème. C'est alors que le commandant en chef du Border convoque une réunion d'urgence : une nouvelle vague de Neighbors s'apprête à déferler sur la ville de Mikado...

Des portails s'ouvrent de toutes parts dans le ciel de Mikado... l'invasion tant redoutée a commencé ! Osamu et tous les agents de classe A et B sont mobilisés pour anéantir les Neighbors qui pullulent dans les rues de la ville. Mais alors qu'ils prennent le dessus sur les soldats-trions, un redoutable modèle jusqu'alors inconnu fait son apparition !