Hellboy rencontre des prédateurs invisibles, des cas de combustion spontanée et une arme étrange située au coeur d'une base de l'Air Force qui est en réalité bien plus qu'elle ne paraît. Le démon cornu poursuit son apprentissage au sein du B.P.R.D. en accomplissant ces premières missions qui vont forger l'enquêteur du paranormal hors-pair qu'il deviendra par la suite.